Elfų teatras įkurtas 1997-ųjų žiemą. Jam vadovauja teatro režisierius Romas Vikšraitis, kurio iniciatyva jau 1989m. buvo įkurtas pirmas privatus teatras  Lietuvoje – „Keistuolių teatras“   Elfų teatro atidaryme suvaidintas spektaklis vaikams „Elfų pasakaitės“ (dabar  „Skudurinės Onutės pasakaitės“). Berengiant šį spektaklį ir kilo mintis teatrą pavadinti Elfų teatru.

1999 metų  rudenį teatras įsikėlė į patalpas Vilniuje, Konstitucijos pr. 23B (šalia Vaikų ir jaunimo centro)